早在明朝,为防御东南沿海的倭寇,中国就将钓鱼岛列入防区。1561年(明嘉靖四十年),明朝驻防东南沿海的最高将领胡宗宪主持、郑若曾编纂的《筹海图编》一书,明确将钓鱼岛等岛屿编入“沿海山沙图”,纳入明朝的海防范围内。1605年(明万历三十三年)徐必达等人绘制的《乾坤一统海防全图》及1621年(明天启元年)茅元仪绘制的中国海防图《武备志·海防二·福建沿海山沙图》,也将钓鱼岛等岛屿划入中国海疆之内。
清朝不仅沿袭了明朝的做法,继续将钓鱼岛等岛屿列入中国海防范围内,而且明确将其置于台湾地方政府的行政管辖之下。清代《台湾府志》及黄叔璥编写的《台海使槎录》等官方文献详细记载了对钓鱼岛的管辖情况。1871年(清同治十年)刊印的陈寿祺等编纂的《重纂福建通志》卷八十六将钓鱼岛列入海防冲要,隶属台湾府噶玛兰厅(今台湾省宜兰县)管辖。1872年,周懋琦编纂的《全台图说》中也对钓鱼岛进行了描述。